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理論物理是學院最早建立的碩士點之一，培養了包括孫昌璞院士在內大批享譽國內外的理論物理人才。目前，以量子科學中心為主體的理論物理方向正呈現著良好的發展勢頭：中心所在的理論物理學科是吉林省重點學科，設有國家自然科學基金委“理論物理交流平臺”和“量子物理與量子信息”吉林省高校創新團隊，目前承擔20余項國家級科研課題，研究經費充足，學生待遇優厚。本專業教師全部有一年以上國外留學/工作經歷，近5年在《美國物理評論》等國際主流學術期刊上發表SCI文章200余篇。中心重視研究生培養，鼓勵和支持優秀研究生去國內外著名大學或研究機構開展學術交流活動。
光學專業成立于2006年，在光信息調制/反饋的高精度和高速度檢測、光致變色介質的高密度光學信息存儲、激子-真空場耦合的非線性光學理論等方面開展并取得了一系列卓有成效的研究成績。承擔了國家自然科學基金、教育部、吉林省科技廳、吉林省教育廳等科研項目20余項，發表SCI/EI論文百余篇。獲得吉林省科技進步獎、吉林省優秀教學成果獎、吉林省優秀教學團隊、寶鋼優秀教師獎等多項獎勵和榮譽稱號。依托紫外光發射材料與技術教育部重點實驗室，開展多方向的合作研究。 >200余篇。中心重視研究生培養，鼓勵和支持優秀研究生去國內外著名大學或研究機構開展學術交流活動。
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